3人目はキサカ・レドニル。この船はモラシム司令官のチームによって攻撃される予定であるが、彼らは実際にル・クルーゼから、アークエンジェルがアラスカのジョシュ・A基地に到着する前に追跡して撃墜するよう命令を受けていた。その後、ヴォスグロフ級潜水艦が追跡を開始し、AMF-101 DINN 2機とUMF-4A GOOhN 2機を戦闘に投入します。2機のGOOhNはストライクガンダムによって破壊され、2機のDINNのうち1機はアークエンジェルによって破壊され、2機目はムウ・ラ・フラガによって損傷を受けます（このカスタマイズされたDINNの指揮官はモラシム自身です）。アスラン・ザラとニコル・アマルフィはジブラルタル基地に着陸し、イザーク・ジュールとディアッカ・エルスマンと合流し、ザラ中隊が結成され、3月6日にアスランが中隊長に任命された。翌日、アークエンジェルとモラシムの潜水艦の間で新たな小競り合いが起こり、その後ザラ艦隊は空母に乗ってカーペンタリアへ向かった。アークエンジェルとモラシムの部下との戦いの間、FX-550 スカイグラスパーを指揮していたカガリはラ・フラガ司令官の潜水艦破壊に協力し、ストライクはモラシムの UMF-5 ZnO (海上で消滅) を含む他の敵ユニットを破壊します。カガリは機体に損傷を受けながらもアークエンジェルに戻るが、途中でザフトの空母に遭遇、銃撃戦となり空母にダメージを与えて積荷を投下、カガリのスカイグラスパーも被弾し小島に着水する。この島には、攻撃を受けた空母に乗っていたアスラン・ザラもおり、彼らは島で出会い、敵として一夜を過ごしますが、最終的には絆が深まり、お互いを敵ではなく人間として見なすようになります。

彼らは3月8日にそれぞれのキャンプ地に迎えに来られる予定だ。

アークエンジェルはマラッカ海峡に到達し、そこでザフト軍と戦闘を繰り広げる。ザラチームは潜水艦の故障のため、時間通りに現場に到着できなかった。アークエンジェル号は3月15日に大きな損傷を受けることなく脱出した。

この船は3月25日にオーブの海岸からそう遠くないところでザラ艦隊の攻撃を受け、その後オーブの軍の標的となり、実際にこの船を掩護してオノゴロ島の港に停泊させる。この策略に続いて、大統領は提供された援助に対する補償を要求するだろう。なぜなら、彼らが救われたのは、カガリがアッタ大統領の娘だからでもあるからだ。 2月25日、キラ・ヤマトはMBF-M1アストレイの開発、より正確にはOSの改良に貢献するよう要請された。数日後の 2 月 28 日、ザラ中隊は調査のために密かにオーブに潜入し、アスランは予期せぬ遭遇をします。アスランはフェンスで隔てられたキラと遭遇し、アスランが小さなロボットのトーリ (VF ではバーディー) をキラに返す間、2 人は話し合います。

4月1日、パトリック・ザラがプラントの最高議長に選出され、同日に評議会で承認されたウロボロス作戦の効果を強化するためにスピットブレイク作戦を開始した。

4月15日はアークエンジェルがオーブ国を出発した日であり、早朝にオノゴロ港を出港したが、ザラ艦隊が彼らを待ち構えており、船がオーブの領海を出た直後に攻撃を受けた。激しい戦いはキラとアスランの決闘で終わり、キラはかつての友人に致命的な打撃を与えたいと考えていたが、ニコルはブリッツガンダムで二人の若者の間に割って入り、コックピットを撃たれてガンダムの爆発で死亡する。

アークエンジェルは4月17日にマーシャル諸島上空でザラ隊の攻撃を受けた。トール・ケーニッヒはアスランとの戦いで死亡し、キラ・ヤマトはイージスガンダムがストライクガンダムに爆発して終わったアスラン・ザラとの戦いの後行方不明となり、同時にディアッカ・エルスマンはバスターガンダムとともにアークエンジェルに捕らえられた。オーブはアークエンジェルからのメッセージを受け取り、4月18日に捜索隊が派遣され、カガリは負傷したアスランを発見し、彼は救出されザフトに帰還する。キラはマルキオ牧師によって生きている状態で発見され、その後、密かにクライン邸のアプリリウス 1 に移送されます。

平和使節としてプラント号に乗って旅をしているマルキオ牧師は、5月1日に和平妥協案を提示するが、拒否される。

アークエンジェルはアラスカのJOSH-A基地への旅を続け、5月2日に到着する予定。アスラン・ザラが宇宙に派遣されるためにカーペンタリア基地へ出発し、星雲勲章を授与された同じ日に、イザークはスピットブレイク作戦に配属される。アークエンジェルの士官たちは、5月5日にヘリオポリスを出発して以来、土壇場での標的変更により72時間遅れでスピットブレイク作戦を開始した行動について捜査を受けている。 5月8日にスピットブレイク作戦が開始され、アークエンジェルが基地防衛に配属され、ナターレ・バジルレ、フレイ・アルスター、ムウ・ラ・フラガなど一部の乗組員が配置転換された。攻撃後の混乱の中、ラ・フラガはアークエンジェルに加わって脅威を警告し、同盟はサイクロプスシステムのおかげでザフト軍の大部分を壊滅させるために、現場の多くの兵士と船を犠牲にすることを決定しました。当時、アプリリアス 1 号に乗っていたキラは、友人たちと協力し、彼らを守りたいと考えていましたが、何よりもこの戦争を終わらせたいと考えていました。彼はラクス・クラインに助けられ、ZGMF-X10A フリーダムガンダムの操縦を任され、MS の素晴らしいパフォーマンスのおかげでアークエンジェルに加わり、彼らを救うために、彼らの陣営が何であれ、危険を警告して戦場でできるだけ多くの兵士を救おうとします。

クライン一家は現在、プラント政権の反体制派とみなされ、ガンダムフリーダムの盗難に続いて大逆罪で告発されています。 5月11日、その知らせを知ったアスランは、説明を得るためにラクスを探しに行くことを決意する。アスランは最終的にラクスを見つけ、彼らの間で戦争の危険、平和の本当の敵についての議論が行われることになる。アスランは最終的にラクスを手放すだろう。ザラ議長はアラスカ攻撃の失敗とフリーダム号の盗難はクライン派のせいであると宣言し、5月12日に最高評議会によってクライン派は解散され、シーゲル・クラインは処刑された。ラカスはアンドリュー・ワースフェルドの助けを借りて脱出に成功する。

その後、アークエンジェルは5月15日にオーブに加わり、同盟から完全に離脱し、5月17日にアスランはZGMF-X09A ジャスティスガンダムを受け取り、フリーダムを回収できない場合は破壊する任務を負う。アラスカでの事件を受けて、ザフトはパナマ基地の破壊を決定し、5月25日にザフトは基地の破壊のために最大限の戦力とグングニル型EMPを投入したが、同盟の最新MSモデル、GAT-01ストライクダガー、マスドライバーの介入と基地の破壊は失敗に終わった。 5月29日、同盟は会議を開催し、軍需産業コングロマリットの代表であるムルタ・アズラエルがオーブのマスドライバーの回収を提案し、ビクトリア再征服作戦も計画された。ユーラシア連邦と東アジア共和国の軍は反対したが、前線に送られ、攻撃のための軍の大部分を構成した。

この会合の後、6月1日には同盟から団結と統一を求める呼びかけがなされ、この呼びかけは、まだ中立を保っている唯一の国であるオーブ、スカンジナビア王国、エクアドル連合に対して発せられた。こうすることで、同盟は中立国の世論を説得して加盟させようとしており、舞台裏では各国首脳に圧力をかけ、加盟を促している。

6 月 13 日、オーブは 48 時間の最後通告を受けて窮地に立たされる。オーブが議会を解体せず、武器や技術を提供しず、ウズミ・ナラ・アタが大統領の地位を放棄しない場合、同盟はオーブを侵略することになる。この作戦の目的はマスドライバーを回収し、それによって同盟軍が宇宙に帰還する能力を取り戻すことだった。その後、アークエンジェルの乗組員に状況が警告され、オーブを助ける志願者は残って戦うよう求められ、カズイ・バスカークを含む12人の乗組員は乗組員と船を離れることになります。同じ頃、マーシャル諸島にいるアスランはマルキオ牧師と出会い、紛争が双方に大混乱をもたらしていることに気づく。

6月15日、オーブが最後通牒を拒否してから48時間後、第4艦隊の艦艇はストライクダガーだけでなく、GAT-Xの新シリーズであるGAT-X131 カラミティガンダム、GAT-X252 フォビドゥンガンダム、GAT-X370 レイダーガンダムで国を攻撃した。 M1アストレイが初めて実戦に投入され、アスランはジャスティスガンダムとともに戦いに加わり、オーブ軍の救援に赴く。戦闘中に民間人が避難しており、犠牲者が出ている。幼いシン・アスカの両親と妹は、オーブから逃げる途中、戦闘の流れ弾に当たって死亡した。キラとアスランは戦いの後、もはや敵ではなく友人として再会し、この戦争とその結果、それぞれの役割と過ちについて時間をかけて話し合います。アスラン・ザラは、かつてのザフトの戦友であるディアッカ・エルスマンとバスターガンダムを伴い、オーブに正式に加入する。翌日の6月16日、同盟はオーブに対する新たな攻撃を開始し、ウズミ・ナラ・アタは宇宙への避難を決定し、草薙号とアークエンジェル号を送り返します。攻撃中にカガリを避難させ、彼女を草薙号まで連れて行く間に、キラがカガリの兄弟であることをカガリに明かします。その後、モルゲンローテ施設、カグヤのマスドライバー、オノゴロ地下兵器工場を自爆。ウズミ・ナラ・アッタとオーブ政府のメンバーは爆発で死亡し、連合の同調者となったオーブで新しい臨時政府が選出される。

宇宙に到達した草薙は完成に向けて作業を開始し、6月18日に船体各部の組み立てが完了し、アークエンジェルとともにラグランジュ4地点へ向けて航行を開始した。一方、地球では、オムニ軍がヴィクトリア基地を拠点とするザフト軍を攻撃し、基地奪還を狙う。連合軍の新型ガンダムのおかげで、この攻撃は勝利となるだろう。 6月20日に新しいアークエンジェル級船「ドミニオン」が完成し、新しい船長はナターレ・バジルレになります。 6月25日、ヴィクトリアのマスドライバーが再び完全に稼働し、ドミニオンに加わる同盟軍の3機のガンダムを含む同盟軍を宇宙に送り出すために使用される。 6月26日、プラント最高評議会は新たな防衛線の構築を決定し、ロー・ル・クルーゼはプラントに呼び戻され、翌日フレイ・アルスターとイザーク・ジュールを伴って出発する。 6月28日、ムルタ・アズラエルと3機の新しいGAT-Xが宇宙に到達する番が来ました。 6月30日、アークエンジェルとクサナギはL4のメンデルコロニー付近に到着。

アスランは父親と対峙するためにプラントに戻ることを決意する。しかし、後者は彼の陣営変更を拒否し、彼を大逆罪で逮捕します。アスランはラクス・クラインが雇った男たちによって救出され、ラクス・クラインとアンドリュー・ワースフェルドはザフトが設計した新しい船、FFMH-Y101エターナルを盗み、キラ・ヤマトが同行します。 7 月 5 日、エターナルはメンデルコロニーと他の 2 隻の船に加わり、同盟を結成しました。クルーシブル号はエターナルを追跡する任務を負い、7 月 7 日にメンデルコロニーに向かいます。 7月12日、ドミニオンはコロニーメンデルへの攻撃を開始し、アークエンジェルはそれと戦うために前進し、クサナギとエターナルの脱出を可能にしました。しかし、ル・クルーゼもゲームに登場し、ストライクガンダムの指揮官であるラ・フラガと戦うことになります。クルーシブルはラ・フラガとヤマトをメンデルコロニーに連れて行き、そこで彼は自分の正体を明かすが、同時にキラの本当の性質も明かす。キラとムウはコロニーから脱出し、アークエンジェルに戻る。負傷したムウは船に戻るが、キラは戦いを続ける。数分前にル・クルーゼによって解放されたフレイを回収しようとしているときに攻撃を受けると知ったばかりで動揺している。フレイ・アルスターと彼女の脱出ポッドはドミニオンによって回収される予定で、彼女はル・クルーゼから託された、反Nジャマーの計画と核兵器の使用に関するファイルを保持している。

派閥は行ったり来たりしており、エターナルはオーブ国民、クライン派閥のメンバー、アライアンス平和主義者と接触し、マルキオ牧師もジャンクギルドとの接触を仲介して戦争を終わらせる手助けをしています。ザフトは同盟軍の攻勢に備える。一方、同盟は7月6日現在、新型核ミサイルの生産をフル稼働させている。

7月24日、同盟軍はジブラルタル基地への攻撃を開始し、敗北したザフトはヨーロッパから撤退した。

6月15日、オーブが最後通牒を拒否してから48時間後、第4艦隊の艦艇はストライクダガーだけでなく、GAT-Xの新シリーズであるGAT-X131 カラミティガンダム、GAT-X252 フォビドゥンガンダム、GAT-X370 レイダーガンダムで国を攻撃した。 M1アストレイが初めて実戦に投入され、アスランはジャスティスガンダムとともに戦いに加わり、オーブ軍の救援に赴く。戦闘中に民間人が避難しており、犠牲者が出ている。幼いシン・アスカの両親と妹は、オーブから逃げる途中、戦闘の流れ弾に当たって死亡した。キラとアスランは戦いの後、もはや敵ではなく友人として再会し、この戦争とその結果、それぞれの役割と過ちについて時間をかけて話し合います。アスラン・ザラは、かつてのザフトの戦友であるディアッカ・エルスマンとバスターガンダムを伴い、オーブに正式に加入する。翌日の6月16日、同盟はオーブに対する新たな攻撃を開始し、ウズミ・ナラ・アタは宇宙への避難を決定し、草薙号とアークエンジェル号を送り返します。攻撃中にカガリを避難させ、彼女を草薙号まで連れて行く間に、キラがカガリの兄弟であることをカガリに明かします。その後、モルゲンローテ施設、カグヤのマスドライバー、オノゴロ地下兵器工場を自爆。ウズミ・ナラ・アッタとオーブ政府のメンバーは爆発で死亡し、連合の同調者となったオーブで新しい臨時政府が選出される。

宇宙に到達した草薙は完成に向けて作業を開始し、6月18日に船体各部の組み立てが完了し、アークエンジェルとともにラグランジュ4地点へ向けて航行を開始した。一方、地球では、オムニ軍がヴィクトリア基地を拠点とするザフト軍を攻撃し、基地奪還を狙う。連合軍の新型ガンダムのおかげで、この攻撃は勝利となるだろう。 6月20日に新しいアークエンジェル級船「ドミニオン」が完成し、新しい船長はナターレ・バジルレになります。 6月25日、ヴィクトリアのマスドライバーが再び完全に稼働し、ドミニオンに加わる同盟軍の3機のガンダムを含む同盟軍を宇宙に送り出すために使用される。 6月26日、プラント最高評議会は新たな防衛線の構築を決定し、ロー・ル・クルーゼはプラントに呼び戻され、翌日フレイ・アルスターとイザーク・ジュールを伴って出発する。 6月28日、ムルタ・アズラエルと3機の新しいGAT-Xが宇宙に到達する番が来ました。 6月30日、アークエンジェルとクサナギはL4のメンデルコロニー付近に到着。

アスランは父親と対峙するためにプラントに戻ることを決意する。しかし、後者は彼の陣営変更を拒否し、彼を大逆罪で逮捕します。アスランはラクス・クラインが雇った男たちによって救出され、ラクス・クラインとアンドリュー・ワースフェルドはザフトが設計した新しい船、FFMH-Y101エターナルを盗み、キラ・ヤマトが同行します。 7 月 5 日、エターナルはメンデルコロニーと他の 2 隻の船に加わり、同盟を結成しました。クルーシブル号はエターナルを追跡する任務を負い、7 月 7 日にメンデルコロニーに向かいます。 7月12日、ドミニオンはコロニーメンデルへの攻撃を開始し、アークエンジェルはそれと戦うために前進し、クサナギとエターナルの脱出を可能にしました。しかし、ル・クルーゼもゲームに登場し、ストライクガンダムの指揮官であるラ・フラガと戦うことになります。クルーシブルはラ・フラガとヤマトをメンデルコロニーに連れて行き、そこで彼は自分の正体を明かすが、同時にキラの本当の性質も明かす。キラとムウはコロニーから脱出し、アークエンジェルに戻る。負傷したムウは船に戻るが、キラは戦いを続ける。数分前にル・クルーゼによって解放されたフレイを回収しようとしているときに攻撃を受けると知ったばかりで動揺している。フレイ・アルスターと彼女の脱出ポッドはドミニオンによって回収される予定で、彼女はル・クルーゼから託された、反Nジャマーの計画と核兵器の使用に関するファイルを保持している。

派閥は行ったり来たりしており、エターナルはオーブ国民、クライン派閥のメンバー、アライアンス平和主義者と接触し、マルキオ牧師もジャンクギルドとの接触を仲介して戦争を終わらせる手助けをしています。ザフトは同盟軍の攻勢に備える。一方、同盟は7月6日現在、新型核ミサイルの生産をフル稼働させている。

7月24日、同盟軍はジブラルタル基地への攻撃を開始し、敗北したザフトはヨーロッパから撤退した。

戦争は激化し、9月26日に同盟は新たな攻勢を開始した。 プラントに対して、当時「平和中隊」（ピースメーカー）と名付けられた中隊が同時にヤチン・ドゥーエ基地とプラントを攻撃した。その後、クサナギ、エターナル、アークエンジェルの3隻の連合艦隊がプラント、ジャスティス、フリーダムを守るために介入し、プラントコロニーであるザフトの協力を得て、ミーティア支援ユニットを装備した。ヤチン・ドゥーエでも戦闘が激化しており、ザラ大統領はジェネシスの使用を命じた。このガンマ粒子砲は核エネルギーを使用して発射され、基地を狙う核ミサイルを破壊し、同盟艦隊の 40% を破壊する弾丸を発射します。この射撃の後、ザフトは射撃ミラーを別のものに交換し、その間に残りの同盟軍は新たな射撃を阻止するために基地を襲撃します。実際、バジルール司令官は戦力再編のため撤退を命じていましたが、アズラエルはこの戦略に反し、即時攻撃を開始するよう逆命令を下します。殺人狂のアズラエルはプラントを完全に絶滅させようとしており、月面基地はミサイルを搭載した艦隊を送り込む。 3 隻の宇宙船の連合は GENESIS データの分析を開始し、計算によれば、もし地球に弾丸が当たればすべての生命が絶滅し、惑星は居住不可能になるとのことです。その後、アークエンジェルはドミニオンと連絡を取り、エターナルとクサナギはジェネシスを破壊するためにそこへ向かい、三軍連合のガンダムはプラントを守り、他のガンダムはザフトの大砲を破壊しようとします。

ラウ・ル・クルーゼは、ザフトの新型ガンダム、ZGMF-X13A プロヴィデンスを受け取り、この戦いを終わらせるよう命じられる。同盟艦隊が接近し、ミラーが変更され、ジェネシスはプトレマイオス月面基地に発砲し、基地は月面から消滅し、軌道上にあった月面艦隊も50％以上破壊され、同盟の増援も破壊され、非常に悪い状況に陥りました。その後、アズラエルはサザーランド艦長に平和小隊の残党を送るよう命令する。ナタル・バジルーレはプラントを破壊してもジェネシスが地球に攻撃するのを防ぐことはできないと警告するが、アズラエルは彼の言うことを聞かず、コーディネーターを破壊したいという意志を貫く。その後、アズラエルはナタルに武器を向け、自分が指揮権を持っていることを思い出させます。その後、大天使がドミニオンの射程圏内に到着し、戦いが始まります。一方、パトリック・ザラはジェネシスの新たなターゲットを地球に指定した。

プラントは、防衛に残ったザフト隊とガンダムによって核攻撃から救われる。その後、両軍は便宜上の同盟者としてジェネシス砲の破壊に着手した。アークエンジェル号とドミニオン号はまだ戦闘中であり、それぞれの船が大きな損害を受けていたため、バジルレ司令官は船を放棄するよう命令したが、その時、ムルタ・アズラエルがバジルレ号に銃を発砲し続け、彼女が不服従を示していることを示しながら、船を攻撃した。ドミニオンの乗組員は脱出ポッドで船を離れ、アークエンジェルはこれを見てすべての攻撃を止め、戦いが終わったことを理解するが、アズラエルは残ったローエングリン砲をアークエンジェルに向けて発砲する。ラウとの戦いで傷ついたムウ・ラ・フラガは、アークエンジェルのブリッジを守るために危険な状況で到着し、この犠牲によって船は救われる。バジルがドミニオンの指揮を執っているにもかかわらず、ラミアス艦長は、愛するムウ・ラ・フラガを失った復讐をするために、同様の対応を命じた。キラはその後、ラウ・ル・クルーゼがガンダムで攻撃してきたときにアークエンジェルの近くに到着し、彼女を助ける。プロヴィデンスは最新のドラグーンシステムを搭載しているため、戦いは厳しく、ドラグーンシステムの遠隔操作モジュール（ファンネル）がフリーダムのメテオを破壊する。戦いの間、ドミニオンカプセルの生存者はアークエンジェルに戻ろうとする。キラはカプセルの1つにフレイがいるのを見て、彼女を助けに行くが、ラウはファンネルの1つで発砲し、カプセルを破壊し、フレイを死なせてしまう。すると、キラはフレイの幻影に心を動かされ、謝罪し、いつも見守ってくれたことに感謝する。そして、キラは怒りと闘争心に満ち、再びプロビデンスを攻撃するために出発する。

ジェネシスが再びミラーを交換して新たな弾を発射すると、アスランとカガリはジェネシスを破壊するためにそこに向かうが、ジェネシスはコロイドミラージュだけでなくフェイズシフトも装備していたため、ヤキン・ドゥーエにある制御室に入ることにした。アスランが管制室に到着すると、父親が死にかけており、パトリック・ザラは意見を異にする兵士に撃たれたばかりだったが、ジャキン・ドゥーエの自爆装置が起動し、それが破壊されるとジェネシスが自動的に発射される。そして彼らはGENESIS自体を破壊し、エターナルとクサナギに知らせる決断を下す。両艦とも射程距離内に入るが、その火力にもかかわらずジェネシスはダメージを受けない。その後、プロヴィデンスガンダムが介入し、2隻の武装の多くを破壊しますが、破壊される前にキラによって阻止されます。

ジャスティスに乗ったアスランとレッドストライクを操縦するカガリはジェネシスに向かって突進し、なんとか大砲の中に入り込む。そこでアスランはカガリを後ろに残すことに決め、レッドストライクをブロックするために背部パックを落とす。ジェネシス反応炉の中心部に到着すると、彼はガンダムの自爆を開始し、爆発で大砲が粉々に砕け散るところだったが、彼を救出に来たカガリによって最後の瞬間に阻止された。その後、アスランはジャスティスが脱出できるよう、遅延して自爆するようにプログラムします。キラは依然としてル・クルーゼと戦っており、大きなダメージを受け、ガンダムがほぼ破壊されているにもかかわらず、なんとかプロヴィデンスを突き刺すことができた。同時にジェネシスがフリーダムに部分的にダメージを与える射撃を開始したが、ジャスティスの破壊によって射撃は間一髪で阻止された。

戦いは西暦71年9月27日に終わり、ラクスは停戦を呼びかけ、交戦していた両陣営はすべての戦闘を停止した。キラはフリーダムの残骸の隣で宇宙に浮かんでおり、自分の終わりが来たと考えていたが、バーディが自分に向かってくるのが見え、小さなロボットの後ろにMSのシルエットが現れる。カガリとアスランはレッドストライクの残骸を持って彼を救出するためにやって来ます。

ザラの支持者は敗走し、混乱の中で最高評議会の穏健派のメンバーが前首相シーゲル・クラインの同意を得て権力を取り戻し、アイリーン・カナルヴァ（オリジナル版ではアイリーン・カナバー）が運動の先頭に立って軍を掌握し、こうしてザフトからの敵意はすべて止んだ。戦争初の停戦を記念して、両者は数か月にわたる交渉を開始した。

これに続いて、同盟軍の兵士たちは脱走して宇宙へ逃げることを決意し、同様に復讐に燃えるオーブの住民や戦士たちも宇宙へ亡命する。

同盟の敗北は同盟内部の紛争の扉を開き、南米ブロックは独立を要求して独立を獲得するための戦いを開始し、西暦71年11月はこの紛争によって汚されることになる。

話し合いと交渉は成功し、西暦72年3月10日にプラントと同盟の指導者らによって新たな平和条約が最終的に調印された。

西暦72年、平和は不安定です。しかし、特定の派閥、ODR（オーブ災害救援チーム）の間で小競り合いが起こり、 (再戦を望むオーブ国のメンバーで構成) は、アンティファクティスと他のいくつかのアライアンスブロックのメンバーと対戦します。新機種「MVF-X08 エクリプスガンダム」登場。

この脆弱な平和は CE73 年にゆっくりと打ち砕かれ、ラグランジ ポイント 4 (プラントから遠く離れた場所) にあるアーモリー ワン コロニーへの攻撃により、アライアンスとプラント間の紛争が再び勃発することになります。アーモリーワンは、新型MSや艦船の兵器と開発に特化したコロニーです。 PLANT の新社長、ギルバート・デュランダルは、9 月に新しい MS と新しい船の発表会に報道関係者と他国の国民を招待しました。 CE73 年 10 月 2 日、MP カガリ ユラ アスハがアレックス ディノ (別名アスラン ザラ) を伴ってアーモリー ワンを訪問しました。この訪問の主な目的は、オーブがこれらの新しい戦争兵器が作成された目的を理解することでした。この外交訪問中に、同盟は攻撃を開始し、ファントムペインの特殊部隊が動き出し、新しいMSモデル、ガンダムZGMF-X24Sカオス、ZGMF-X31Sアビス、ZGMF-X88Sガイアを盗むという任務を負うとともに、アーモリーワン基地に最大限の損害を与えることになります。その後、新型艦「ミネルバ」が配備され、同艦に搭載されていたザフトが保有する最新ガンダムモデル「ZGMF-X56S インパルス」も出撃する。このMSは、モジュールを組み立ててMS（および各種パック）を形成する。アスラン・ザラはカガリを守るために、カガリを乗せたZGMF-1000 ザクウォーリアを操縦しなければならなかったが、盗まれたモデルの1つの前で倒れ、ダメージを受けた。シン・アスカとインパルスが彼らを救い、今度はシンを助けるためにガンダムの1つに突撃して陽​​動作戦を起こそうとしたが、この行動中にカガリが負傷し、アスランは撤退を余儀なくされ、カガリを癒すためにミネルバを手に入れた。その後、3機のガンダムはアーモリーワンのコロニーを離れ、船に戻ります。

その後、ミネルバは同盟軍の艦艇ガーティ・ルー（当時はザフトによってボギーワンと名付けられていた）を追跡する任務を負う。同盟軍の艦艇は一時的にミネルバを欺くことに成功するが、ザフトの艦艇の方が速いため、ガーティ・ルーはすぐに追いつかれてしまう。その後、同盟の船はミネルバ号を待ち伏せしますが、ミネルバ号はアスランの戦術的アドバイスに従って逃げることに成功し、ガーティ・ルー号は逃げ出し、ミネルバ号は追跡を断念します。

翌日の10月3日、ザフト艦は新たな重要任務を課せられることになった。パトリック・ザラ元大統領の支持者たちがジュニウス7号の残骸へ向かいます。これは「ブレイク・ザ・ワールド作戦」と呼ばれ、ジュニウス7号の最大の残骸を地球上に落下させるものです。ジュールチームとミネルバの介入は十分ではなく、破片は2つに分裂し、地球に衝突して大きな被害をもたらします。影響を受けた国は、イタリア（ローマ、バチカン）、ギリシャ（アテネ）、中国、チェコ共和国（プラハ）、マレーシア（クアラルンプール）、カナダ（トロント）、イギリス（ストーンヘンジ）、チベット（ダライ・ラマの宮殿）、ブラジルです。ザフトは災害の被災地と被災者に直ちに人道援助を送っている。ジュニウス7号の残骸が地球に落下した後、多くのインフラが影響を受け、DSSD（深宇宙調査開発機構）基地は津波の影響を受ける前にプロトタイプのモビルスーツを宇宙に送り出すことに成功しました。問題のMSは、火星以外の宇宙の植民地化を目的として開発されたGSX-401FW スターゲイザーガンダムです。スターゲイザーの「ライトカー」システムが完成すると、ファントムペイン部隊がトロヤステーションへの攻撃を開始します。スターゲイザーは基地の防衛に参加し、光線反射技術を使用して敵にダメージを与え、GAT-X105E+AQM/E-X09S ストライクノワールガンダムとの戦いがあり、ひどく損傷したストライクノワールは、スターゲイザーを奪取しようとするパイロットによって放棄されます。その後、パイロットは地球圏から離れて金星に向かうシーケンスを開始します。パイロットのセレーネ・マクグリフさんは太陽系を操作してゆっくりと地球に帰還し、27日と21時間後に無事に地球に到着する予定だ。

一方、ミネルバは、地球基地を攻撃し続けるザラのパルチザンから地球を解放するため、また「ブレイク・ザ・ワールド作戦」の被害者を助けるために地球に派遣された。こうしてアスラン・ザラはアレックス・ディーノとしてのアイデンティティを捨て、FAITH（デュランダル自ら指名した、戦場での功績と高い道徳心を兼ね備えたザフトのエリートで構成された組織）のメンバーとなり、平和を永続させるためにZGMF-X23S セイバーガンダムと戦場での完全な自由を託される。アスランは「ラクス」にも紹介されるが、実はラクス・クラインに成りすましたミーア・キャンベルであり、デュランダルは彼女を平和の象徴として利用している。公式には、デュランダル大統領は「ブレイク・ザ・ワールド作戦」の責任者をパトリック・ザラの支持者と指定しているが、同時に、同盟を率いる影の組織であり、裕福で権力のあるブルーコスモスの元メンバー数名で構成されるロゴスを非難している。そしてプラントとアライアンスの間の第二次戦争が始まる。 11月に同盟はプラントに対する攻撃を開始し、これが戦争の始まりとなった。

ミネルバは地球上で任務を継続し、同盟軍の手からいくつかの都市を解放する任務に参加します。シン・アスカはさまざまな任務で活躍し、ザフト軍のエースとなります。シンは、ガンダム ガイアのパイロットであるステラ ルーシェと出会う。二人はビーチの近くで出会った直後の戦闘中に再会する。シンは、海辺で崖から落ちそうになっていた若い女性に追いつく。ステラは捕らえられるが、アライアンスのエクステンデッド (生物学的 CPU ) であるため、肉体的にも精神的にも健康を保つために定期的な治療を受けなければならない。彼女の苦しみを見て、シンは船を離れて彼女を同盟国に返すことを決意し、彼女をネオ・ロアノーク（VFではロルノク）に引き渡して見守ってもらうよう頼んだ。ミネルバ号に戻ったシンは、処罰が決定されるまで数日間拘留されることになる。

CE73 年 12 月、オーブは国を同盟に加盟させる条約に署名します。カガリはこれに強く反対しますが、多数派が勝利し、彼女はオーブが同盟の戦争活動に参加して経済大国になることを支持するセイランと対決しなければなりません。ミネルバにとってこれは良い兆候ではない。なぜなら、同船は修理のためにオーブ港に停泊しており、中立国が同盟に加わるという事実が問題となっているからだ。ウナト・エマ・セイラン首相は、国の善意を示すために、ミネルバを同盟への贈り物として提供したいと考えています。ヴァルスフェルトの警告を受け、ミネルバはオーブの領海を離れるが、それを待ち受けていたのは同盟軍。シンは同盟軍の巨大モビルアーマー、YMAF-X6BD ザムザと対峙することになる。シンはSEEDに目覚めた後、戦いに勝利するでしょう。

本物のラクス・クラインはオーブのマルキオ牧師の孤児院で暮らしていたが、彼女はキラ・ヤマトに命を狙われるところから救われた。 彼女を守るためにフリーダム号の指揮を引き継ぐことになる。アークエンジェルに戻ったキラ・ヤマト、マリュー・ラミアス、ヴァルスフェルド、そして元乗組員たちは、カガリを、セイランの権力強化を目的とした、別の副官であるユウナ・ロマ・セイランとの政略結婚から救出するために出発した。キラが来てカガリを誘拐し、彼女の結婚生活を救うでしょう。船と乗組員はその後も海中に隠され、スカンジナビア王国に到着してそこで隠されたままになります。

ミネルバは黒海のザフト基地に向けて旅を続け、その途中でローエングリン陽電子砲を配備した同盟軍基地に遭遇する。 「ローエングリン門」と呼ばれる基地は、ビームデフレクターを装備したモビルアーマーによって守られている。その後、ミネルバはインパルスを接近戦に送り込み、モビルアーマーを破壊し、船に砲撃のチャンスを与えます。ローエングリン砲が破壊されると、同盟はその地域を離れ、地元住民は解放されます。

その後、ミネルバ号はジブラルタルに向けて出航したが、航海中に攻撃を受けた。ダーダネルス海峡で、地球連合とオーブの艦隊が攻撃を開始し、タンホイザー陽電子砲を発射しようとした瞬間、フリーダムが介入し、オーブの旗艦を狙っていたタンホイザーを破壊した。カガリはその後、冷静になるよう呼びかけ、オーブの軍に発砲しないよう要請するが、ユウナ・ロマ・セイランはそれが詐欺であると宣言し、カガリのレッドストライクとアークエンジェルに対して発砲するよう命令する。キラはシンとインパルスを傷つけたが、ZGMF-X2000 グフイグナイテッドを操縦するもう一人のFAITHパイロット、ハイネ・ヴェステンフルスも傷つけ、さらにアビスとガイアも傷つけた。しかし、ガイアがグフを真っ二つに切断するのを防ぐことはできず、結果としてハイネは死亡し、アスランはキラに激怒するだろう。彼の介入がなければハイネはそこから抜け出すことができたかもしれない。同盟は状況があまりにも混乱していると判断し、撤退を開始するだろう。

休息は長くは続かなかった。なぜなら、オーブの軍隊を従えた同盟軍が再びミネルバを攻撃するからだ。戦いが激化するクレタ島沖で、カガリとキラは再び戦いに終止符を打とうと、沈静化を訴える。その後、アスランはキラと決闘を繰り広げ、一方シンはアビスを完全に破壊し、癇癪を起こしながらオーブの艦隊を容赦なく攻撃する。現場のオーブ軍のリーダーである戸高大佐は、オーブの航空母艦タケミカヅチの放棄を命じ、オーブの中立をまだ信じている人々にアークエンジェルに加わり、カガリが平和のために戦うのを助けるよう奨励した。シンと彼のインパルスはこうしてタケミカヅチを破壊し、ブリッジに残っている戸高大佐は航空母艦とともに死亡し、シンは先の戦争のオーブの戦いで彼を助けてくれた兵士を殺したばかりである。

争いが激化する中、ロゴス組織のリーダーであるロード・ジブリールは、巨大なモビルスーツ「GFAS-X1 デストロイガンダム」の最新モデルをネオ・ロアノークに託し、ステラ・ルーシェに操縦させる。ベルリンは火と血に包まれ、ザフトを支援する他のいくつかの領土は地図から消え去るでしょう。ザフトの戦力は大幅に減少した。デストロイガンダムはミネルバとアークエンジェルの共同戦線によって破壊され、致命傷を与えるのはキラとフリーダムである。ステラ・ルーシェは戦闘中に殺され、シンの無力な目の前で、シンはステラの遺体をそこからそう遠くない湖まで運び、安らかに眠らせます。